Ngày 1 tháng 4 năm 1992, tỉnh Ninh Thuận chính thức đi vào hoạt động với 4 đơn vị hành chính cấp huyện trực thuộc: thị xã Phan Rang – Tháp Chàm, huyện Ninh Hải, huyện Ninh Phước và huyện Ninh Sơn.

Ngày 3 tháng 6 năm 1993, thị trấn Phước Dân thuộc huyện Ninh Phước được thành lập trên cơ sở toàn bộ xã Phước Dân và thôn Mỹ Nghiệp của xã Phước Hải.

Ngày 28 tháng 5 năm 1994, thị trấn Khánh Hải thuộc huyện Ninh Hải được thành lập trên cơ sở các thôn Dư Khánh 1, Dư Khánh 2, Ninh Chữ và Cà Đú của xã Khánh Hải.[7]

Ngày 29 tháng 8 năm 1994, xã Phước Chính thuộc huyện Ninh Sơn được thành lập trên cơ sở một phần xã Phước Đại.

Ngày 14 tháng 8 năm 1998, xã Phước Minh thuộc huyện Ninh Phước được thành lập trên cơ sở một phần xã Phước Nam và một phần xã Phước Diêm.[8]

Ngày 30 tháng 8 năm 2000, thị trấn Tân Sơn thuộc huyện Ninh Sơn được thành lập trên cơ sở một phần xã Tân Sơn và xã Tân Sơn được đổi tên thành xã Lương Sơn.[9]

Ngày 6 tháng 11 năm 2000, huyện Bác Ái được tái lập trên cơ sở tách 9 xã Phước Bình, Phước Chính, Phước Đại, Phước Hòa, Phước Tân, Phước Thành, Phước Thắng, Phước Tiến, Phước Trung của huyện Ninh Sơn.[10] Huyện lị đặt tại xã Phước Đại.

Ngày 25 tháng 12 năm 2001, các phường Đông Hải (từ xã Đông Hải), Mỹ Đông (từ một phần xã Mỹ Hải), Đài Sơn (từ một phần xã Thành Hải và một phần phường Thanh Sơn) thuộc thị xã Phan Rang – Tháp Chàm được thành lập.[11]

Ngày 22 tháng 11 năm 2002, xã Phước Vinh thuộc huyện Ninh Phước được thành lập trên cơ sở một phần xã Phước Sơn.[12]

Ngày 7 tháng 7 năm 2005, các xã Thanh Hải (từ một phần xã Nhơn Hải), Bắc Sơn (từ một phần xã Phương Hải), Bắc Phong (từ một phần xã Tân Hải) thuộc huyện Ninh Hải được thành lập. Huyện Thuận Bắc cũng được thành lập trên cơ sở tách 6 xã Lợi Hải, Công Hải, Phước Chiến, Phước Kháng, Bắc Sơn, Bắc Phong của huyện Ninh Hải.[13]

Ngày 8 tháng 2 năm 2007, thành phố Phan Rang – Tháp Chàm được thành lập trên cơ sở toàn bộ thị xã Phan Rang – Tháp Chàm.[14]

Ngày 21 tháng 9 năm 2007, xã Phước Thắng mới thuộc huyện Bác Ái được thành lập sau khi giải thể xã Phước Thắng cũ và điều chỉnh địa giới hành chính các xã Phước Chính, Phước Tiến.[15]

Ngày 21 tháng 1 năm 2008, các phường Mỹ Bình (từ một phần xã Mỹ Hải và một phần xã Văn Hải), Mỹ Hải (từ phần còn lại của xã Mỹ Hải) và Văn Hải (từ phần còn lại của xã Văn Hải) thuộc thành phố Phan Rang – Tháp Chàmđược thành lập sau khi điều chỉnh địa giới hành chính các phường, xã có liên quan.[16]

Ngày 10 tháng 6 năm 2009, các xã Phước Ninh (từ một phần xã Phước Nam), Cà Ná (từ một phần xã Phước Diêm) thuộc huyện Ninh Phước được thành lập. Huyện Thuận Nam cũng được thành lập trên cơ sở tách 8 xã Cà Ná, Phước Diêm, Phước Ninh, Phước Nam, Phước Minh, Phước Dinh, Nhị Hà, Phước Hà của huyện Ninh Phước.[17]